Μετά το τέλος της ταινίας Οι Εκδικητές: Η Εποχή του Ultron o Steve Rogers (Captain America) και οι υπόλοιποι Εκδικητές προσπαθούν να ανασυντάξουν τις δυνάμεις τους. Σε αυτό ακριβώς το σημείο ξεκινάει η ιστορία του Captain America: Εμφύλιος Πόλεμος. Μετά από ένα διεθνές επεισόδιο στη Νιγηρία, όπου χρειάστηκε η καταλυτική επέμβαση των Εκδικητών, ξεκίνησαν κάποιες πολιτικές διεργασίες, ώστε να δημιουργηθεί ένα κυβερνητικό σώμα αρμόδιο να εγκρίνει σε ποιες περιπτώσεις θα πρέπει να επεμβαίνει το επίλεκτο σώμα των super ηρώων. Η νέα αυτή γραφειοκρατική αντιμετώπιση αδρανοποιεί, κατά κάποιο τρόπο, τους Εκδικητές, καθώς αυτοί πρέπει να στρέψουν όλη την προσοχή τους, για να αντιμετωπίσουν έναν νέο καταχθόνιο κακό που εμφανίζεται και απειλεί να καταστρέψει τον κόσμο.
